原料や製造方法は、1954年に日本で最初の玄米酵素として開発された「神原菌」（玄米酵素の当時の商品名）の発売当時とまったく変わりません。これまで、万成食品以外のいくつかの会社で玄米酵素が製造・発売されたり、米ぬかの他にもさまざまな原料を加えた玄米酵素がつくられていますが、この「神原菌」こそが玄米酵素のルーツです。
まず、玄米中の表皮（米ぬか）・胚芽に、水分を混ぜて蒸し、いったん冷却したあと、麹菌（アスペルギールスオリーゼ菌）を入れて撹拌します。
次に、これを室（培養室）の培養床に移します。そうすると時間がたつにしたがって麹菌が増殖し、米ぬかは発酵し始めて温度が上がってきます。このとき、温度を一定に保つと同時に、空気を送ってあげます。麹菌は好気性微生物で、麹菌が働くのに酸素が必要です。そこで、空気を送って酸素を補充してあげるわけです。麹菌は酸素がなかったり、温度が高すぎたり低すぎたりしても繁殖しません。ここが技術的に非常にむずかしいところなのです。
こうして麹菌の生育に適した一定の状態を保つと、米ぬかは麹菌が伸ばす菌糸や胞子によって徐々に白くなります。これは麹菌が盛んに酵素をつくり出して米ぬかの栄養素を分解し、それをエサに増殖している過程です。米ぬかが、ほぼ白くなるまで麹菌を増殖させると、米ぬかは乾燥した白っぽい固まりになります。乾燥して水分がなくなると、麹菌は生きたまま仮死状態になります。この白っぽい固まりを粉末にすると玄米酵素が完成です。粉末となっても、玄米酵素の中では麹菌が生存し続け、麹菌がつくり出した酵素も壊されずにそのまま残り、体によい働きをします。
原料は玄米中の米ぬか（ぬか層・胚芽）、それに麹菌が働きやすいように相性のよい米酢とニンニクを少々加え、水分を混ぜて蒸します。熱を加えて蒸すことによって殺菌効果があります。
使用する米ぬかは、有機や特別栽培米です。たま米酢とニンニクは選び抜いた国産品を使用しています。米酢を加えるのは、主に殺菌作用を利用して麹菌以外の細菌類を除くためです。ニンニクは殺菌作用と、麹菌のエサ（栄養分）として用います。
